Kooperationen zwischen Wissenschaft und Industrie werden für beide Seiten immer wichtiger. Die Bedeutung ist so groß, dass bei der Preisverleihung auf dem Thüringischen Innovationstag 2007 für Zusammenarbeiten dieser Art eine eigene Kategorie eingerichtet wurde. Nicht nur, dass BMDSys für den Thüringischen Innovationspreis nominiert wurde, das Unternehmen hat eine solche Kooperation bereits vor einigen Jahren in die Tat umgesetzt. Seit mehreren Jahren kooperiert BMDSys erfolgreich mit dem Biomagnetischen Institut des Universitätsklinikums Jena. Zusammen wird an der Weiterentwicklung des Diagnosesystems MFI gearbeitet. Darüber hinaus werden gemeinsame Patientenstudien zur klinischen Anwendung durchgeführt.